Podstawowymi badaniami końcowego odcinka przewodu pokarmowego są badania wziernikowe. W zależności od użytego sprzętu oraz miejsca w układzie pokarmowym, do którego wziernik dociera, wyróżnia się następujące badania.

Anoskopia odbywa się przy pomocy rurki (do 10cm) wprowadzanej do odbytu i odbytnicy. Umożliwia wizualizację kanału odbytu i zwieracza wewnętrznego, a także zbadanie masy kału. Retroskopia polega na oglądaniu odbytnicy przy użyciu sztywnego wziernika (do 30cm). Badanie przeprowadza się w celu oceny stanu błony śluzowej jelita grubego oraz pobrania wycinków do badań i usunięcia ewentualnych zmian patologicznych.

Rektoromanoskopia to retroskopia poszerzona o badanie esicy, czyli końcowej części okrężnicy. Sigmoidoskopia to badanie odbytnicy, esicy i części zstępnicy (do 80cm). Może być stosowana w celach diagnostycznych lub terapeutycznych.

Kolonoskopia to badanie przez odbyt całego jelita grubego (z możliwością przejścia do końcowego odcinka jelita cienkiego) przy użyciu długiego (do 200cm) i giętkiego endoskopu. Badanie może być wykonywane w znieczuleniu ogólnym, miejscowym lub bez znieczulenia, ale z możliwością podania pacjentowi środków przeciwbólowych.